L'Institut a été fondé en 1998 en tant qu’Institut d'études canadiennes sous le leadership du Dr Chad Gaffield. Il allait abriter les programmes de premier cycle et de doctorat en études canadiennes. En 2004, le Dr Georges Sioui, professeur d'études religieuses et érudit Huron-Wendate originaire de Wendake, a été engagé en vue de créer et de coordonner un nouveau programme d'études autochtones. Le programme a été inauguré lors d'une cérémonie spéciale le 15 avril 2004 à la loge de l’aîné algonquin William Commanda, dans la Première Nation algonquine anishinaabe de Kitigan Zibi, près de Maniwaki. Trente personnes se sont réunies dans la loge et ont participé à une cérémonie du cercle de la parole officiée par William Commanda. Lors de l’évènement, ce dernier a expliqué comment “chaque parent de cet enfant prépara sa naissance (tel que la métaphore existe maintenant » ils participeraient à l'établissement « du soin spécial qu’il doit à présent recevoir afin de devenir l’être fort et heureux qu’on a rêvé qu’il devienne. » Dr Sioui a dirigé le programme jusqu'à sa retraite et demeure à ce jour professeur émérite de l'Institut.

Depuis 2010, l'Institut abrite le Laboratoire de recherche et les bureaux appartenant à la Chaire de recherche sur les Métis. Face un intérêt croissant pour les études autochtones à l'Université d'Ottawa, l'Institut d'études canadiennes a été renommé Institut d'études canadiennes et autochtones en janvier 2013. À l'époque, les professeur.e.s qui enseignaient dans le programme provenaient d'autres départements ou étaient nommés conjointement pour enseigner dans le programme d'études autochtones de premier cycle. Deux de ces professeurs, nommés conjointement, restent au cœur de la mission académique du programme : les Dre Sonia Wesche (Département de géographie, environnement et géomatique) et Dr Daniel Rück (Département d'histoire).

Le 24 septembre 2014, le bâtiment abritant l'Institut d'études canadiennes et autochtones a été redésigné sous le nom du Pavillon William Commanda. La désignation du bâtiment a été initiée par le doyen de la Faculté des arts, Antoni Lewkowicz, et entreprise en consultation avec la famille du défunt aîné, William Commanda, y compris le professeur à temps partiel et ancienne élève, Claudette Commanda.

En 2017-18, il est devenu évident que l'Université d'Ottawa avait besoin d'un institut de recherche et d'enseignement dédié aux chercheurs autochtones. L'Université d'Ottawa est particulièrement bien placée pour apporter d'importantes contributions aux études autochtones en anglais et en français en raison de son emplacement dans la région de la capitale nationale, un carrefour entre le Canada anglais et le Canada français. Le processus de création du nouvel Institut a inclus des consultations avec d'autres facultés, des professeurs autochtones, les directeurs de département de la Faculté des arts, le conseil de la Faculté des sciences sociales, des étudiants et le Conseil d'éducation autochtone de l'Université. 

En 2019, l'Institut d'études canadiennes et autochtones a été officiellement renommé Institut de recherche et d'études autochtones (IRÉA), et le programme d'études autochtones a été transformé en Département d'études autochtones au sein de l'IRÉA. Cela signifiait que, pour la première fois dans l'histoire de l'Université d'Ottawa, des membres permanents du corps professoral pouvaient être embauchés directement à l'IRÉA, une étape monumentale vers l'établissement de la capacité des Premiers Peuples à commencer à façonner et à transformer la recherche et l'enseignement à l'IRÉA. Dre Brenda Macdougall (Métis / ahpitowkosisan) a été nommée directrice en 2019 et deux nouveaux professeurs adjoints, Dr Veldon Coburn (Algonquin) et Dr Pierrot Ross-Tremblay (Innu), ont été embauchés. Il s'agissait d'une étape essentielle pour s'assurer que les chercheurs autochtones déterminent l'orientation de ce nouvel institut. L'Institut abrite maintenant la Chaire de recherche du Canada en traditions intellectuelles et autodétermination des Premiers Peuples, ainsi que la Chaire de recherche de l’Université sur les traditions familiales et communautaires des Métis, détenues respectivement par Dr Ross-Tremblay et Dre Macdougall.

Le fondement de cette nouvelle orientation de l'Institut provient du travail à long terme entrepris par le Dr Timothy J. Stanley pendant son mandat de directeur de l'ancien Institut d'études canadiennes et autochtones. Après sa retraite, Dr Stanley est devenu professeur émérite de l'Institut.