Biographie
La recherche de notre laboratoire se concentre sur deux pathogènes bactériens majeurs d'origine alimentaire, Listeria et Cronobacter. Les projets de recherche du laboratoire visent à déterminer comment les agents pathogènes d'origine alimentaire peuvent pénétrer dans le continuum « de la ferme à la fourchette » et provoquer des maladies chez l'homme. Notre laboratoire s'intéresse au(x) mécanisme(s) actuel(s) permettant de comprendre et de suivre les pathogènes d'origine alimentaire dans le continuum de la chaîne alimentaire. Pour ce faire, nous développons des projets qui abordent des questions telles que la manière dont un agent pathogène peut se développer, s'adapter et survivre dans certains aliments. Membre du comité directeur de PulseNet Canada, je suis également codirecteur du Centre de référence sur la listériose pour le Canada. Le CRL participe à PulseNet Canada pour la surveillance moléculaire en temps réel de la listériose et utilise le séquençage des génomes entiers pour les enquêtes sur les épidémies.
Notre programme de recherche dans le domaine des Listeria se concentre sur trois domaines principaux qui incluent et combinent les méthodologies actuelles et nouvelles, le typage moléculaire et la sécurité des aliments prêts à consommer. Tous ces domaines s'inscrivent dans le cadre de nos activités en matière de politique, d'évaluation des risques et d'établissement de normes, ainsi que dans le cadre de la politique du gouvernement canadien en matière de gestion des risques potentiels liés aux agents pathogènes émergents.
Dans les années 1980, on a constaté qu'Enterobacter sakazakii affectait gravement les nourrissons et les nouveau-nés en provoquant des septicémies, des entérocolites nécrotiques et des méningites. Cet organisme a été reclassé dans le nouveau genre Cronobacter, avec l'espèce type Cronobacter sakazakii. Les autres espèces de ce genre comprennent désormais C. malonaticus, C. turicensis, C. muytjensii, C. dublinensis, C. condiment et C. universalis. Bien que le réservoir naturel de Cronobacter spp. reste inconnu, il a été isolé dans une variété d'aliments ainsi que dans différents environnements (hôpitaux, usines de transformation, maisons, poussière, aspirateurs, et même dans les intestins de mouches d'étable). La grande majorité des infections à Cronobacter spp. surviennent dans les unités de soins intensifs néonatals des hôpitaux. La préparation, la manipulation et le stockage inappropriés des préparations pour nourrissons sont considérés comme les causes les plus probables de la contamination. Les Cronobacter spp. sont également considérés comme des agents pathogènes émergents pour les patients ayant subi un accident vasculaire cérébral et souffrant de dysphagie et de pneumonie d'aspiration.
Publications sélectionnées
- Use of a taxon-specific reference database for accurate metagenomics-based pathogen detection of Listeria monocytogenes in turkey deli meat and spinach. Rumore J, Walker M, Pagotto F, Forbes JD, Peterson CL, Tyler AD, Graham M, Van Domselaar G, Nadon C, Reimer A, Knox N.
BMC Genomics. 2023 Jun 27;24(1):361. doi: 10.1186/s12864-023-09338-w. - Phylogenomic Analysis of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Bovismorbificans from Clinical and Food Samples Using Whole Genome Wide Core Genes and kmer Binning Methods to Identify Two Distinct Polyphyletic Genome Pathotypes. Gopinath GR, Jang H, Beaubrun JJ, Gangiredla J, Mammel MK, Müller A, Tamber S, Patel IR, Ewing L, Weinstein LM, Wang CZ, Finkelstein S, Negrete F, Muruvanda T, Allard M, Sockett DC, Pagotto F, Tall BD, Stephan R. Microorganisms. 2022 Jun 11;10(6):1199. doi: 10.3390/microorganisms10061199.
- Analysis of the Molecular Diversity Among Cronobacter Species Isolated From Filth Flies Using Targeted PCR, Pan Genomic DNA Microarray, and Whole Genome Sequencing Analyses. Jang H, Chase HR, Gangiredla J, Grim CJ, Patel IR, Kothary MH, Jackson SA, Mammel MK, Carter L, Negrete F, Finkelstein S, Weinstein L, Yan Q, Iversen C, Pagotto F, Stephan R, Lehner A, Eshwar AK, Fanning S, Farber J, Gopinath GR, Tall BD, Pava-Ripoll M. Front Microbiol. 2020 Sep 25;11:561204. doi: 10.3389/fmicb.2020.561204. eCollection 2020.
- Distribution, diversity and persistence of Listeria monocytogenes in swine slaughterhouses and their association with food and human listeriosis strains. Cherifi T, Arsenault J, Pagotto F, Quessy S, Côté JC, Neira K, Fournaise S, Bekal S, Fravalo P. PLoS One. 2020 Aug 6;15(8):e0236807. doi: 10.1371/journal.pone.0236807. eCollection 2020.
- Shared genome analyses of notable listeriosis outbreaks, highlighting the critical importance of epidemiological evidence, input datasets and interpretation criteria. Reimer A, Weedmark K, Petkau A, Peterson CL, Walker M, Knox N, Kent H, Mabon P, Berry C, Tyler S, Tschetter L, Jerome M, Allen V, Hoang L, Bekal S, Clark C, Nadon C, Van Domselaar G, Pagotto F, Graham M, Farber J, Gilmour M. Microb Genom. 2019 Jan;5(1):e000237. doi: 10.1099/mgen.0.000237. Epub 2019 Jan 16.
- Occurrence, characterization, and potential predictors of verotoxigenic Escherichia coli, Listeria monocytogenes, and Salmonella in surface water used for produce irrigation in the Lower Mainland of British Columbia, Canada. Falardeau J, Johnson RP, Pagotto F, Wang S. PLoS One. 2017 Sep 27;12(9):e0185437. doi: 10.1371/journal.pone.0185437. eCollection 2017.
- Use of a Pan-Genomic DNA Microarray in Determination of the Phylogenetic Relatedness among Cronobacter spp. and Its Use as a Data Mining Tool to Understand Cronobacter Biology. Tall BD, Gangiredla J, Grim CJ, Patel IR, Jackson SA, Mammel MK, Kothary MH, Sathyamoorthy V, Carter L, Fanning S, Iversen C, Pagotto F, Stephan R, Lehner A, Farber J, Yan QQ, Gopinath GR. Microarrays (Basel). 2017 Mar 4;6(1):6. doi: 10.3390/microarrays6010006.
- Navigating Microbiological Food Safety in the Era of Whole-Genome Sequencing. Ronholm J, Nasheri N, Petronella N, Pagotto F. Clin Microbiol Rev. 2016 Oct;29(4):837-57. doi: 10.1128/CMR.00056-16.