Les premiers cours de médecine se donnent dans d’anciennes casernes militaires à l’angle de la rue Somerset Est et de l’avenue King-Edward. Un conseil exécutif temporaire présidé par le père Danis administre la Faculté jusqu’en 1950, année de la nomination du premier doyen, le Dr Arthur Richard. La Faculté confère ses premiers grades en médecine l’année suivante.
À l’automne 1954, la Faculté quitte son emplacement temporaire dans les casernes et s’installe dans un nouveau pavillon sur le campus principal de l’Université. Elle y restera près d’un quart de siècle.
En 1965, à l’occasion de son 25e anniversaire, la Faculté demande au Collège des hérauts de Londres l’autorisation d’utiliser ses propres armoiries. À cette époque, la Faculté adopte aussi la devise Sanando docemus (nous enseignons à guérir). Les lettres patentes octroyées par le Roi d’armes de la jarretière confèrent à l’Université les armoiries officielles de la Faculté le 1er juin 1971. La Faculté de médecine de l’Université d’Ottawa est l’une des trois seules facultés de médecine du Canada qui possèdent leurs propres armoiries. Elle doit ses armoiries à son deuxième doyen, le Dr Jean-Jacques Lussier, qui a compris et souligné l’importance du symbolisme dans la tradition et la culture.
Dans les années 1960 et 1970, un vaste exercice de planification orchestré par la Faculté et l’Ottawa Regional Hospital Planning Council donne naissance au Complexe des sciences de la santé d’Ottawa, sur la promenade Alta Vista, qui rassemble la Faculté et les programmes de sciences infirmières de l’Université ainsi que plusieurs de ses hôpitaux d’enseignement affiliés. Inauguré en 1982, le nouveau pavillon des sciences de la santé est rebaptisé le Pavillon Roger-Guindon en 1984 en l’honneur de cet ancien recteur de l’Université qui a joué un rôle clé dans sa création.
Les changements apportés à la Faculté à cette époque ne se limitent toutefois pas à un nouvel emplacement. L’Université crée en effet la Faculté des sciences de la santé en 1978, regroupant les écoles de Médecine, des Sciences infirmières et des Sciences de l’activité physique, qui relevaient toutes auparavant de la Faculté de médecine. Les programmes d’ergothérapie et de physiothérapie s’ajoutent à cette nouvelle faculté en 1986. En 1989, sous la direction d’un nouveau doyen, le Dr Gilles Hurteau, la Faculté de médecine retrouve son statut d’entité distincte.
En 1995, le Bureau des affaires francophones est fondé dans le but de soutenir et de consacrer des ressources à la croissance de la formation médicale au Canada.
Aujourd’hui, la Faculté est fière d’être la seule école de médecine bilingue au Canada. Le Programme autochtone est créé en 2005.
En plus d’augmenter le nombre d’étudiants autochtones inscrits au programme MD, le programme a été créé pour augmenter la sensibilisation à la culture et aux questions relatives à la santé et aux enjeux sociaux autochtones.
