Plateau technique de métabolomique : réponse à une explosion de la demande

Par Michelle Read
Rédactrice

L’équipe d’experts du plateau technique de métabolomique (PM) de l’Université d’Ottawa fait l’objet d’une hausse fulgurante de la demande.

En effet, la métabolomique, ou la mesure des métabolites dans les échantillons biologiques, connaît une croissance explosive en tant qu’intérêt de recherche. Pour mieux répondre à la demande, la PM a été créée en 2019 après l’acquisition de trois spectromètres de masse de pointe, grâce à des subventions de la Fondation canadienne pour l’innovation.

Ces subventions ont été accordées par l’entremise de la directrice du plateau, la Dre Julie St-Pierre. La Dre St-Pierre a été directrice du plateau technique de métabolomique à l’Université McGill pendant huit ans; en 2017 elle a été recrutée par l’Université d’Ottawa, puis elle a mis sur pied un tel plateau à la Faculté de médecine.

« J’étais heureuse de joindre la communauté de recherche de l’Université d’Ottawa, et ses grands leaders en recherche sur le métabolisme et les mitochondries », mentionne la Dre St-Pierre, professeure titulaire au Département de biochimie, microbiologie et immunologie.

Forte demande pour cette puissante technologie

La métabolomique est une puissante technologie qui permet d’acquérir une connaissance approfondie de l’état métabolique des affections physiologiques et pathologiques. À ce titre, elle fait partie intégrante de la biologie des systèmes. La Dre St-Pierre a été heureuse de se joindre à l’Institut de la biologie des systèmes d’Ottawa (IBSO) dans le cadre de son recrutement à l’Université d’Ottawa.

« La PM est le plus récent ajout à la gamme ‘omique’ de l’IBSO », ajoute-t-elle, « qui compte déjà des plateformes de recherche lipidomique et protéomique à la fine pointe, ainsi qu’une solide expertise en biologie computationnelle pour analyser ces importants ensembles de données omiques. »

Depuis l’arrivée de la Dre St-Pierre, le programme de recherche s’est consacré à la découverte des vulnérabilités métaboliques dans le cancer du sein pouvant être exploitées à des fins thérapeutiques. Elle a également un intérêt particulier pour le métabolisme mitochondrial.

Une équipe occupée est un défi intéressant à relever, rapporte le Dr David Patten, gestionnaire de la PM.

« La réponse après l’ouverture de la PM de l’Université d’Ottawa a été fantastique », ajoute le Dr Patten. « Il n’y a eu aucun temps d'arrêt du personnel depuis notre ouverture, et nous remercions tous nos usagers de leurs projets de recherche stimulants et de nous tenir si occupés ».

Le Dr Patten ajoute que l’arrivée de la Dre Shama Naz, qui a rejoint la plateforme avant le début de la pandémie, a été très bénéfique. La Dre Naz possède plus de 13 ans d’expérience en spectrométrie de masse et métabolomique, permettant ainsi à l’équipe de répondre à une forte demande de recherche fondée sur la métabolomique. 

Le plateau fournit de l’équipement et de l’expertise aux chercheurs pour leur permettre d’analyser les états de santé et les états pathologiques. Au départ, la PM peut aider à identifier les métabolites ou les voies métaboliques qui sont modifiés dans les tissus ou les biofluides d’un état pathologique particulier. Grâce à des techniques plus avancées, ayant recours à des métabolites étiquetés, les chercheurs peuvent davantage cerner le métabolisme intracellulaire et mesurer le flux des métabolites dans une voie particulière.  

Les importantes répercussions de la métabolomique

L’un des axes majeurs du plateau est le métabolisme du cancer. Cependant, les intérêts de recherche d’autres utilisateurs incluaient l’obésité, la biologie mitochondriale, les cellules sanguines et la neuroscience, pour n’en nommer que quelques-uns.

Comme il est possible d’appliquer la recherche fondée sur la métabolomique à un grand nombre de domaines, la clientèle de la PM est de façon similaire très vaste. Bon nombre de clients sont issus de la Faculté de médecine, alors que d’autres sont issus de différentes facultés de l’Université d’Ottawa, d’universités, d’établissements de recherche et d’organismes de recherche à but non lucratif du Canada.  

« La métabolomique est très complexe, mais les usagers n’ont pas à s’inquiéter puisque le personnel de la PM de l’Université d’Ottawa est là pour répondre à tous leurs besoins en matière de recherche; des consultations, à la conception de l’étude, jusqu’à l’analyse des données », explique le Dr Patten. « Ces services sont personnalisés pour répondre aux exigences des projets et aux voies métaboliques d’intérêt. »

Grâce au soutien de l’Institut de recherche Terry Fox et de la Fondation canadienne pour l’innovation, la PM de l’Université d’Ottawa fait partie des ressources pour l’innovation en métabolomique du Centre de recherche sur le cancer Goodman (CRCG), de l’Université d’Ottawa et de l’Institut de recherche Van Andel (IRVA), connus collectivement sous le nom de MIRGOV. 

« Le soutien mutuel des trois plateaux permet d’accélérer la méthode de développement et contribue à la normalisation et la reproductibilité de la méthode », déclare le Dr Patten. « Je crois que cette collaboration nous démarque des autres plateaux, et représente un avantage important pour nos utilisateurs ».

La Dre St-Pierre est fière que la PM de l’Université d’Ottawa fasse partie intégrante de la subvention de recherche en oncométabolisme de l’Institut Terry Fox, qu’elle codirige avec le Dr Peter Siegel de l’Université McGill.

« En tant qu’équipe, nous avons grandement contribué à la compréhension du métabolisme du cancer », dit-elle.

« Toutes ces découvertes ont été possibles en ayant accès à des capacités de pointe en métabolomique. »

Le plateau technique de métabolomique: l’une des 15 plateaux à la Faculté de médecine

La Faculté de médecine, avec le soutien des instituts de recherche en milieu hospitalier qui lui sont affiliés et l’Université d’Ottawa, a entrepris un grand projet visant à mettre en place une série de plateaux modernes qui regroupent de l’équipement, des instruments, des méthodes et du savoir-faire de pointe indispensables à la réussite de la recherche fondamentale et de la recherche clinique. Ces plateaux sont à la disposition de tous les chercheurs de l’Université d’Ottawa et également à des communautés de l’extérieur, moyennant des frais.

À ce jour, quinze plateaux techniques ont été mises en place et d’autres suivront sous peu. Pour chacune, un directeur ainsi qu’un comité d’utilisateurs ont été nommés pour en assurer la responsabilité et une utilisation optimale aux fins de l’engagement continu et du succès de nos plateaux en expansion.

Pour plus d'informations, visitez le site Web des plateaux techniques.

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