Omniprésents, ils se retrouvent dans l’eau de mer, l’atmosphère et le sol. On estime qu’il y en aurait 10 quintillions (10 à la puissance 31) sur la planète, soit assez pour en assigner un à chaque étoile de l’univers… 100 millions de fois. Généralement pas considérés comme des organismes vivants, les virus ne peuvent se reproduire qu’avec l’aide d’un hôte vivant, et sont capables de « détourner » des organismes de chaque branche de l’arbre du vivant. Au cours de son troisième stage coopératif et de son projet de recherche, Audrée Lemieux a développé une nouvelle approche en métagénomique pour mesurer la diversité des virus retrouvés dans les sédiments du lac Hazen, le plus grand plan d’eau douce de l’Arctique.
Elle a d’abord utilisé de l’ADN et de l’ARN extraits d’échantillons de terre et de limon du lac Hazen afin de déceler la présence de virus ainsi que d’éventuels animaux, plantes et champignons hôtes. Avec la fonte des glaciers accélérée par la hausse des températures, ces anciens virus emprisonnés risquent d’infecter de nouveaux hôtes. Ce passage d’un hôte à un autre s’appelle « débordement ».
L’étudiante a ensuite utilisé un algorithme mis au point par le groupe du professeur Stéphane Aris-Brosou pour évaluer le risque de débordement viral. Résultat : les risques semblent plus grands pour les échantillons prélevés près du point où de grands cours d’eau, qui contiennent beaucoup d’eau fondue des glaciers, se déversent dans le lac Hazen. Il y aurait donc un lien entre une conséquence des changements climatiques et ce phénomène viral.
Ce projet, qui a eu un grand retentissement dans les médias, a donné l’occasion à Audrée Lemieux d’exercer ses talents de communicatrice avec les journalistes. Dans une entrevue donnée au magazine anglais NewScientist, elle a expliqué que pour le moment, le risque de transmission aux animaux par débordement est faible, car les vecteurs de propagation, comme des moustiques, sont moins présents en Arctique. Toutefois, les espèces animales risquent d’étendre leur territoire et de migrer vers les pôles à cause des changements climatiques, ce qui pourrait faire de ces régions du globe un endroit propice à de tels débordements.
Au cours du projet, Audrée Lemieux a également acquis plusieurs nouvelles compétences en bioinformatique, et appris à utiliser des outils comme R, Unix, Trinity, SPAdes et le calcul de haute performance. Celle qui prévoit mener d’autres travaux sur les bactériophages dans la prochaine année a déjà envoyé ses résultats à une revue évaluée par les pairs. Elle encourage les étudiantes et étudiants de premier cycle à explorer leurs options dans les programmes coop. La proactivité, la poursuite de projets intéressants et la communication avec les membres du corps professoral qui les dirigent sont de précieux atouts.
Pour en savoir plus :
- Climate change linked to risk of viruses jumping species in the Arctic (en anglais seulement)
