Au début de sa carrière, M. Juneau a passé dix ans au Ministère des Finances du Canada et au Bureau du Conseil privé, de 1975 à 1985. Il a ensuite occupé des postes séniors dans le domaine des politiques de l’emploi, de l’immigration, de la santé et des relations intergouvernementales.
En 1999 il a été nommé l’un des sous-secrétaires du Cabinet au Bureau du Conseil privé. Il est devenu le premier sous-ministre du ministère de l’Infrastructure et des collectivités en 2002. De 2006 à 2009, il a été le représentant permanent du Canada au conseil de la Banque européenne pour la reconstruction et le développement à Londres.
A son retour, il a dirigé un centre de recherches sur le fédéralisme à Queen’s de 2010 à 2013 et co-dirigé la publication de trois ouvrages sur l’état de la fédération.
Depuis 2017, il siège au conseil de l’Autorité du pont Windsor-Détroit, une société de la Couronne fédérale, dont il a été le pdg par intérim en 2017-2018. Il a siégé aux conseils de plusieurs autres organismes dont celui de l’Organisation mondiale de la Santé dans les années 90.
Il détient un baccalauréat spécialisé en science politique de l’Université d’Ottawa et une maîtrise en affaires urbaines et analyse des politiques de la New School for Social Research de New York.