Le programme des Réseaux de centres d'excellence (RCE) encourage les partenariats fructueux entre les universités, le gouvernement et l'industrie. L' Université d'Ottawa est membre de nombreux réseaux de centres d'excellence parmi lesquels :
- Age-Well (en anglais seulement)
- AllerGen
- ArticNet
- BioCanRx
- BioFuelNet
- Cardiac Arrhythmia Network (en anglais seulement)
- Centre of Excellence in Mining Innovation (en anglais seulement)
- IC-IMPACTS (en anglais seulement)
- Institut canadien pour les innovations en photonique (ICIP)
- Mathématiques des technologies de l'information et des systèmes complexes
- PrioNet Canada (en anglais seulement)
- Réseau Canadien de la Glycomique (GlycoNet)
- Réseau canadien de l'eau
- Réseau pour la santé du cerveau des enfants