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Le système Thermo Scientific « Nano-Ultra High-Performance Liquid Chromatography » est une chromatographie liquide à nanoflux sans division, optimisée pour la séparation de biomolécules telles que les métabolites et les peptides à des pressions ultra élevées allant jusqu'à 1000 bars. L'EASY-nLC 1000 est un système de chromatographie liquide entièrement intégré avec une pompe à gradient binaire à nanoflux et un passeur automatique d'échantillons refroidi, des valves de commutation et des capteurs de débit de haute précision pour un contrôle précis du solvant avant le mélange à haute pression. La pression de fonctionnement du système EASY-nLC 1000™, leader sur le marché, offre un choix diversifié de colonnes et est conçue pour aider les chercheurs à atteindre des performances de pointe en LC-SM. Dans notre laboratoire, nous utilisons des colonnes nano chromatographie liquide à interaction hydrophile et phase inverse pour l'analyse protéomique et métabolomique ciblée ainsi que pour la métabolomique non ciblée. 

L'UltiMate 3000 HPLC conçu par Dionex est adapté à une grande variété d'analyses. Cet instrument offre d'excellentes performances chromatographiques puisque le passeur d'échantillons automatique intégré et le compartiment de la colonne thermostatée offrent une précision du temps de rétention et la possibilité de régler avec précision la contre-pression, la résolution et la vitesse. Avec un volume de retard de gradient réglable, une pompe quaternaire ou isocratique et une excellente stabilité de débit, le système de base automatisé est parfait pour les applications de routine. L'instrument est contrôlé par le logiciel « Thermo Scientific Chromeleon Chromatography Data System (CDS) », facile à utiliser. L'UltiMate 3000 est compatible avec de nombreuses colonnes et offre une flexibilité d'application maximale. Dans notre laboratoire, nous utilisons des colonnes nano phase inverse pour l'analyse protéomique. 

Les principaux composants du système d'électrophorèse capillaire PA 800 plus comprennent des plateaux qui contiennent des flacons d'échantillon, de tampon et d'autres solutions, un bloc d'interface, une alimentation haute tension, des électrodes, un module optique de source et un détecteur, un matériel de contrôle de la température et un mécanisme d'injection de l'échantillon. Le PA 800 Plus est un instrument d'analyse robuste qui peut être utilisé pour l'analyse des métabolites, des anticorps monoclonaux, des peptides, des protéines, des acides nucléiques, des aptamères et des plasmides. En outre, cet instrument peut être utilisé pour l'interaction protéine-ligand. 

Le Thermo Scientific Orbitrap Elite est une combinaison de trois analyseurs de masse : un piège à ions linéaire, un quadripôle et un orbitrap. En outre, cet instrument est équipé d'une source ETD qui est optimale pour retenir les modifications post-traductionnelles labiles comme la phosphorylation et la sulfonation. En outre, la disponibilité de la dissociation induite par collision (CID) et de la dissociation par collision à haute énergie (HCD) offre des performances avancées pour les problèmes de recherche les plus difficiles. Il a des applications en protéomique, en métabolomique, ainsi que dans l'analyse des glucides. Dans notre laboratoire, nous utilisons cet instrument principalement pour différents types d'analyses protéomiques. 

 Le Thermo Scientific Q-Exactive Plus est un spectromètre de masse hybride qui intègre un analyseur de masse quadripolaire et orbitrap. Cet instrument offre une précision et une résolution de masse élevées qui peuvent être utilisées dans un large éventail d'applications telles que les analyses de métabolites et de peptides. En outre, la disponibilité de la dissociation collisionnelle à haute énergie (HCD) permet d'améliorer les performances pour les problèmes de recherche les plus difficiles. Dans notre laboratoire, nous utilisons le Q Exactive Plus principalement pour les analyses protéomiques et métabolomiques ciblées ainsi que pour les analyses métabolomiques non ciblées. 

La plateforme SYNAPT G2 de deuxième génération de Waters offre une nouvelle dimension de performance pour stimuler la recherche scientifique. Elle combine QuanTof™, une technologie quantitative de Tof (temps de vol), et des technologies améliorées de SM haute définition (HDMS).  Cet instrument apporte la dimension supplémentaire de la séparation par mobilité. Il permet de différencier les échantillons par spectrométrie de mobilité ionique–spectrométrie de masse selon leur taille, leur forme, leur charge et leur masse. Dans notre laboratoire, nous utilisons cet instrument pour l'analyse des macromolécules et de leurs interactions, ainsi que pour la métabolomique ciblée et non ciblée.